Command Palette

Search for a command to run...

UnylyUnyly
Весь каталог

cBioPortal

БесплатноНе проверен

Search and access public cancer genomics studies and datasets from cBioPortal's TCGA and MSK collections.

pipeworx-ioавтор: pipeworx-io
GitHubEmbed

Описание

Search and access public cancer genomics studies and datasets from cBioPortal's TCGA and MSK collections.

README

cBioPortal MCP — cancer genomics portal.

Part of Pipeworx — an MCP gateway connecting AI agents to 1394+ live data sources.

Tools

Tool Description
search_studies Search public cancer genomics studies in cBioPortal (TCGA, CPTAC, MSK, etc.) by keyword. Matches study name, study id, or cancer-type id (case-insensitive). Returns study ids, names, cancer types, and sample counts. Keyless, open data.
get_study Get full details for one cBioPortal cancer study by its study id (e.g. "brca_tcga_pub", "glioma_mskcc_2019"), including description, cancer type, sample count, PMID, and citation.
get_gene Resolve a gene to its Entrez gene id and canonical info via cBioPortal. Accepts a HUGO symbol (e.g. "TP53", "BRCA1") or an Entrez gene id. Returns entrez_gene_id, symbol, and type.
list_cancer_types List cancer types defined in cBioPortal (id, display name, parent type). Useful for resolving cancer-type ids used by studies.

Quick Start

Add to your MCP client (Claude Desktop, Cursor, Windsurf, etc.):

{
  "mcpServers": {
    "cbioportal": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/cbioportal/mcp"
    }
  }
}

Or connect to the full Pipeworx gateway for access to all 1394+ data sources:

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

Using with ask_pipeworx

Instead of calling tools directly, you can ask questions in plain English:

ask_pipeworx({ question: "your question about Cbioportal data" })

The gateway picks the right tool and fills the arguments automatically.

More

License

MIT

from github.com/pipeworx-io/mcp-cbioportal

Установить cBioPortal в Claude Desktop, Claude Code, Cursor

Рекомендуется · одна команда, все IDE
unyly install cbioportal

Ставит в Claude Desktop, Claude Code, Cursor и VS Code — сам разбирается с npx, uvx и сборкой из исходников.

Впервые? Поставь CLI: curl -fsSL https://unyly.org/install | sh

Или настроить вручную

Выполни в терминале:

claude mcp add cbioportal -- npx -y @pipeworx/mcp-cbioportal

Пошаговые гайды: как установить cBioPortal

Установить cBioPortal в Claude DesktopУстановить cBioPortal в Claude CodeУстановить cBioPortal в CursorУстановить cBioPortal в VS Code

FAQ

cBioPortal MCP бесплатный?

Да, cBioPortal MCP бесплатный — установка в пару кликов через Unyly без оплаты.

Нужен ли API-ключ для cBioPortal?

Нет, cBioPortal работает без API-ключей и переменных окружения.

cBioPortal — hosted или self-hosted?

Self-hosted: сервер запускается локально на твоей машине командой из раздела установки.

Как установить cBioPortal в Claude Desktop, Claude Code или Cursor?

Открой cBioPortal на unyly.org, выбери вкладку своего клиента (Claude Desktop, Claude Code, Cursor) и нажми Install — конфиг сгенерируется автоматически, без правки JSON.

Похожие MCP

GitHub

PRs, issues, code search, CI status

GitHubавтор: GitHub

Filesystem

Secure file operations with configurable access controls.

автор: Community

Memory

Knowledge graph-based persistent memory system.

автор: Community

Template MCP Server

A CLI tool to create a new Model Context Protocol server project with TypeScript support, dual transport options, and an extensible structure

mcpdotdirectавтор: mcpdotdirect

Compare cBioPortal with

cBioPortalvsGitHubcBioPortalvsFilesystemcBioPortalvsMemorycBioPortalvsTemplate MCP Server

Не уверен что выбрать?

Найди свой стек за 60 секунд

Автор?

Embed-бейдж для README

Похожее

Все в категории development