Rcsb Pdb

БесплатноНе проверен

Enables querying and retrieving experimental protein structures from the RCSB Protein Data Bank, including text search, full entry records, polymer entities, li

автор: pipeworx-io

GitHub Embed

Описание

Enables querying and retrieving experimental protein structures from the RCSB Protein Data Bank, including text search, full entry records, polymer entities, ligands, and assemblies.

README

RCSB Protein Data Bank MCP — 3-D structure metadata for ~225 k experimentally determined macromolecules. Keyless.

Part of Pipeworx — an MCP gateway connecting AI agents to 1394+ live data sources.

Tools

search(query, return_type?, limit?) — text search across PDB
structure(pdb_id) — full entry record (experiment, ligands, polymer entities)
polymer_entity(pdb_id, entity_id) — single polymer entity (chain) metadata
ligand(pdb_id, ligand_id) — ligand record
assembly(pdb_id, assembly_id?) — biological assembly
summary(pdb_id) — short summary view

Data sources

Search: https://search.rcsb.org/rcsbsearch/v2/query
Data: https://data.rcsb.org/rest/v1/core/

Quick Start

Add to your MCP client (Claude Desktop, Cursor, Windsurf, etc.):

{
  "mcpServers": {
    "rcsb-pdb": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/rcsb-pdb/mcp"
    }
  }
}

Or connect to the full Pipeworx gateway for access to all 1394+ data sources:

{
  "mcpServers": {
    "pipeworx": {
      "url": "https://gateway.pipeworx.io/mcp"
    }
  }
}

Using with ask_pipeworx

Instead of calling tools directly, you can ask questions in plain English:

ask_pipeworx({ question: "your question about Rcsb Pdb data" })

The gateway picks the right tool and fills the arguments automatically.

License

MIT

from github.com/pipeworx-io/mcp-rcsb-pdb

Установка Rcsb Pdb

У этого сервера нет опубликованного пакета — он собирается из исходников. Открой репозиторий и следуй инструкции в README.

▸ github.com/pipeworx-io/mcp-rcsb-pdb

FAQ

Rcsb Pdb MCP бесплатный?

Да, Rcsb Pdb MCP бесплатный — установка в пару кликов через Unyly без оплаты.

Нужен ли API-ключ для Rcsb Pdb?

Нет, Rcsb Pdb работает без API-ключей и переменных окружения.

Rcsb Pdb — hosted или self-hosted?

Доступен hosted-вариант: Unyly запускает сервер в облаке, локальная установка не обязательна.

Как установить Rcsb Pdb в Claude Desktop, Claude Code или Cursor?

Открой Rcsb Pdb на unyly.org, выбери вкладку своего клиента (Claude Desktop, Claude Code, Cursor) и нажми Install — конфиг сгенерируется автоматически, без правки JSON.